Florian Matthes leitet den Lehrstuhl für Software Engineering betrieblicher Informationssysteme am Institut für Informatik der Technischen Universität München. Seine aktuellen Forschungsschwerpunkte sind das Enterprise Architecture Management, die modellgetriebene Entwicklung von Webanwendungen und Soziale Software. Er ist Mitgründer und Aufsichtsratsvorsitender der CoreMedia AG (1996) und der infoAsset AG (1999) sowie Mitgründer weiterer kleinerer Software- und Service-Unternehmen.
Er ist seit 2003 Studiendekan der Fakultät für Informatik der TU München und seit 2009 Mitglied des Vorstands Lehre der TU München.
Als Leiter der Fachgruppe für Softwarearchitektur der Gesellschaft für Informatik, Beiratsmitglied der Ernst Denert-Stiftung für Software Engineering und Organisator zahlreicher Fachveranstaltungen im Bereich Unternehmensarchitektur legt er besonderen Wert auf die Zusammenarbeit zwischen Praktikern und Wissenschaftlern in der Informatik und der Wirtschaftsinformatik.
Frühere Stationen seiner akademischen Laufbahn waren die Universität Hamburg, die TU Hamburg-Harburg (C3 Professur), sowie das Digital Equipment Systems Research Center in Palo Alto.
Florian und seine Frau Nastaran Matthes sind stolze Eltern von zwei Töchtern (9 und 11 Jahre alt).